戊戌變法失敗后，蔡元培覺得改革政治，清廷已無可與謀，遂斷然請長假南下從事教育，與政變后革職離京的張元濟(jì)共事于南洋公學(xué)。清末廢科舉興學(xué)校后，各地紛紛創(chuàng)辦公私學(xué)校，但缺乏合適的課本，成為教學(xué)活動中的障礙。1901年，張元濟(jì)決定用出版輔助現(xiàn)代教育之普及，因而投資于商務(wù)印書館，次年初進(jìn)商務(wù)印書館主持編譯工作。他策劃的出版項目之一就是編輯中小學(xué)教科書。因此，蔡元培先生制訂了國文、歷史、地理三種教科書的編輯體例和要求。這套課本中的修身教材、初小十冊和中學(xué)五冊由張元濟(jì)編寫，高小四冊由高夢旦編寫。這套最新教科書融中西文化知識于一體，編纂者字斟句酌，苦心編修，開創(chuàng)了我國學(xué)校用書的新紀(jì)元。蔡元培認(rèn)為新式教科書的編撰“其創(chuàng)始者實為商務(wù)印書館”。

　　在初等教育有所發(fā)展的基礎(chǔ)上發(fā)展高等教育應(yīng)是題中應(yīng)有之義，但在20世紀(jì)30年代，我國大學(xué)教育卻發(fā)展遲緩，其主要原因之一，就是缺乏本國編寫的大學(xué)教材。因此，30年代初，蔡元培號召開展“國化教科書”運(yùn)動，大力提倡大學(xué)里使用中國學(xué)者自己編寫的課本。為此，蔡元培于1931年4月在《申報》上發(fā)表《國化教科書問題》一文，指出:

　　現(xiàn)在我國學(xué)校，自高中以上，率多采用外國文本子，尤其是自然科學(xué)，如數(shù)理化動植礦等科，多用原文教學(xué)。這固然是我們文化落伍的國家，想得到現(xiàn)代的知識所用的苦法子。但吾人終須認(rèn)為這是不得已的過渡方法。倘若將這種不良狀況長時間的展延下去，則吾國學(xué)子所受的損失，將不可言喻，實為一件可惱痛的事。

　　嗣后，蔡元培在文章中將利用外國文教本的不利之處歸納為“糜費時間與腦力”“與國情不適合”“足為普及教育的障礙”三點，并認(rèn)為:“‘國化教科書’的責(zé)任，當(dāng)然不是少數(shù)人或少數(shù)文化機(jī)關(guān)所能夠擔(dān)負(fù)的，凡努力文化事業(yè)的，如教育家、著作家和出版家均應(yīng)分擔(dān)一些責(zé)任。”并號召:“尚望國內(nèi)教育家和出版界，一致向著這個目標(biāo)進(jìn)行，則中國青年幸甚，中國文化幸甚!”

　　在蔡元培的大力倡導(dǎo)下，1932年，商務(wù)印書館決定編輯出版一套《大學(xué)叢書》，以供國內(nèi)大學(xué)教學(xué)使用。商務(wù)印書館請蔡元培擔(dān)綱，邀集國內(nèi)各大學(xué)及學(xué)術(shù)機(jī)關(guān)代表共56人組成《大學(xué)叢書》編輯委員會，制訂出版計劃，分請專家編輯各院各系用書，而且每部書稿都必須經(jīng)編委會有關(guān)專家審定，從而保證了出版的教材具有較高的學(xué)術(shù)水準(zhǔn)。蔡元培則經(jīng)常詢問《大學(xué)叢書》的編輯進(jìn)展情況，還同其他成員一樣參加書稿審讀的具體工作。據(jù)有關(guān)資料記載，蘭弗得等著的《心理學(xué)》一書，蔡元培是逐字審讀后才確定列入選題計劃的。這套叢書先后出版了300余種，各學(xué)科的用書均粗具規(guī)模。在此前后，言行出版社、南京正中書局、中華書局、貴陽交通書局、大廈大學(xué)等單位都出過一些大學(xué)用書，雖然其規(guī)模均不及商務(wù)印書館的《大學(xué)叢書》，但亦為促進(jìn)我國大學(xué)教育和學(xué)術(shù)的獨立作出了各自的貢獻(xiàn)。

　　教育為立國之本。身為教育家的蔡元培除注重正規(guī)教育與各級各類學(xué)校正式教科書的編撰工作外，還對社會大眾的知識普及教育給予重視和關(guān)心。